Andre Agassi, cuando asistió a la explosión de Rafa Nadal, advirtió que estaba "extendiendo cheques en blanco contra su cuerpo". Una forma de decir que el castigo que sometía a su organismo era excesivo. Rafa, además, sufre de pronación: sus pies apoyan hacia adentro. Unido a que sólo calza un 42 para 1,87 de altura, se generó una descompensación que se ha ido corrigiendo con plantillas especiales y trabajos de compensación. En 2004 y 2005 tuvo varias lesiones en su pie izquierdo que su tío Toni llegó a calificar como "muy graves". En 2005, sus rodillas ya comenzaron a quejarse. Forzó para jugar el Masters de Madrid, con cintas elásticas bajo las rótulas, y desde entonces le han dado problemas. La pista rápida sobrecarga los tendones y las molestias se van haciendo crónicas.